دفتر ترانزيت و حمل و نقل بين‌المللي از دفاتر زيرمجموعه معاونت حمل و نقل سازمان راهداري و حمل و نقل جادهاي است كه وظايف مشخصي از جمله پيگيري انعقاد موافقتنامه‌هاي دو جانبه حمل و نقل بين‌المللي جادهاي با كشورها، پيگيري الحاق به موافقتنامه و كنوانسيون‌هاي مهم بين‌المللي مرتبط با حمل و نقل جادهاي، تشکیل کمیسیون‌های مشترک سالانه دوجانبه مربوطه، همکاری با ارگان‌هاي ذیربط برای افزایش حضور ناوگان حمـل و نقـل ایران در ساير کشورها، حمایت از توسعه صادرات و ایجاد تسهیلات لازم برای رانندگان، شرکت‌های حمل و نقل بین‌المللی به منظور توسعه ترانزيت و حمل و نقل بين‌المللي كالا و مسافر، اجراي برنامه‌ها و خط مشی‌های مصوب شوراي‌عالي هماهنگي ترابري، شورای ساماندهی مبادی زمینی کشور و نظارت بر پایانه مرزی و شناسایی تنگناها و مشکلات آنها و تعريف مسيرهاي ترانزيتي و .... بر عهده دارد.
طي سال‌هاي اخير، پيگيري الحاق به موافقتنامه‌هاي مهم حمل و نقل بين‌المللي به منظور افزايش سهم ناوگان جمهوري اسلامي ايراني و حضور تاثيرگذار در بازار ترانزيت و حمل و نقل بين‌المللي از اقدامات مهم اين دفتر بوده به ويژه در شرایط بعد از برجام، با وجود بيش از 50 موافقتنامه دو و چندجانبه در حوزه حمل و نقل بين‌المللي با كشورهاي جهان، انعقاد موافقتنامه حمل و نقل بين‌المللي كالا و مسافر با كشور سوئيس، پيگيري انعقاد موافقتنامه با كشورهاي چين، هند، انگليس، سوئد، بلژيك، الحاق به موافقتنامه‌هاي حمل و نقل كالاهاي فساد پذير موسوم به ATP و پيگيري الحاق به موافقتنامه‌هاي حمل و نقل كالاهاي خطرناك موسوم به ADR و موافقتنامه تطبيق شرايط يكپارچه معاينه فني ادواري وسايل نقليه، موافقتنامه كار خدمه كاميون‌هاي فعال در حمل و نقل بين‌المللي (AETR) در دستور كار اين دفتر بوده است.
براي نيل به اين هدف نيز همکاری هاي خوبي با مجامع بين المللي ذيربط برای الحاق جمهوری اسلامی ایران به کنوانسیون‌ها و موافقتنامه‌هاي بين‌المللي يادشده صورت گرفته است كه مراتب بر اساس يادداشت تفاهم هاي همكاري اين سازمان با مجامع يادشده طي سال‌هاي اخير در حال پيگيري است. نمونه آن اجرايي شدن يادداشت تفاهم سه جانبه همكاري فيمابين سازمان راهداري و حمل و نقل جاده اي، اتحاديه بين‌المللي حمل و نقل جادهاي (IRU) و اتاق بازرگاني، صنايع، معادن و كشاورزي ايران در زمينه توسعه همكاري‌هاي حمل و نقل جادهاي ، آموزش و انتقال دانش طي دو سال گذشته است.
همچنين به منظور ارايه اطلاعات مربوط به موقعيت تيرپارك‌ها و توقفگاه‌هاي امن و خدمات مربوط به آن، سازمان راهداري و حمل ونقل جادهاي با همكاري اتحاديه بين‌المللي حمل و نقل جادهاي اقدام به تبادل همه اطلاعات توصيفي و مكاني مربوط به تيرپارك‌ها و توقفگاه‌هاي امن در جاده‌هاي خود براي استفاده رانندگان ناوگان بين‌المللي از طريق سامانه و اپليكشن ترانسپارك (TRANSPARK) کرده و در حال حاضر راننده‌های بین‌المللی می‌توانند با مراجعه به این سایت، اطلاعات حدود 400 تیرپارک و مجتمع خدماتی و رفاهی بین راهی ایران را مشابه سایر کشورهای اروپایی مشاهده کنند و موقعیت مکانی این مراکز را از قبل در برنامه‌ریزی سفرهای خودشان در نظر بگیرند.
استفاده از موقعيت جغرافيايي كشور در افزايش ميزان ترانزيت و حمل و نقل بين‌المللي كالا و جابجايي مسافر و توسعه همكاري‌هاي منطقه‌اي و بين‌المللي از طريق توسعه، تجهيز، تكميل و بهسازي پايانه‌هاي مرزي از ديگر وظايف مهم دفتر ترانزيت و پايانه هاي مرزي است كه در اين راستا، توسعه و بهره‌برداري از پايانه‌هاي مرزي ماهیرود – پلدشت – چذابه – پرویز خان – رازي – شلمچه از اقدامات شايان توجه اين دفتر طي دو سال اخير بوده و انجام مطالعات، طراحي، ساخت، تكميل و ساماندهي پايانه هاي مرزي جديد همجوار با كشورهاي عراق و پاكستان نيز براساس مصوبات شوراي سازماندهي مبادي ورودي و خروجي زميني كشور در دستور كار سازمان راهداري و حمل و نقل جادهاي است.